Nallappan研究員異動

約3年間当研究室に研究員として所属していた Dr. Gunasekaran Nallappan さんが、中国の大学 Beibu Gulf University の Associate Professor (准教授)として採用され、赴任されました。米国の大学 Eastern Michigan University と連携した Eastern Michigan Joint College of Engineering に所属されます。当研究室に在籍中の業績の中でも、この分野のトップジャーナルである Bioinformatics 誌に掲載された論文が評価されたのではと想像しています。

Paper accepted for publication in STAM-M

A journal article mainly from Prof. Ryoji Asahi’s group at the Nagoya University has been accepted for publication in Science and Technology of Advanced Materials: Methods. This is an outcome of years of our joint research on materials informatics.

Kento Mitsui, Yutaka Sasaki, Ryoji Asahi, Automatic knowledge acquisition from superconductivity information in literature, Science and Technology of Advanced Materials: Methods (STAM-M), 2023. (accepted)

The Science and Technology of Advanced Materials: Methods journal is a new journal focusing on research methods, which just started in 2021. However, its sister journal Science and Technology of Advanced Materials has IF of 8.090.

TTICから博士課程学生2名来学

豊田工大シカゴ校(通称TTIC: Toyota Technological Institute at Chicago)から博士課程の学生2名が1週間研究室に滞在します。滞在中に、本学の学生向けに「PAC学習」と「深層学習プログラミング演習」に関する講義を行ってくれる予定になっています。もちろん英語での講義になりますが、教える側も聞く側も学生ということで気軽に会話できるのではないかと思います。コロナ前の2019年に実施して以来休止していましたが、やっと再開できました。これまで本学から2名がTTICの博士課程に入学していて、教員レベルだけではなく学生レベルの交流も広がってきています。

DATABASE誌採録

DATABASE: The Journal of Biological Database and Curation (IF=4.462)に当研究室の辻村君・井田君が共著になった論文が採録されたという連絡がありました。現在最終原稿を校正中で、近々オンライン版が公開されるとのこと。バイオ・インフォマティクス分野で老舗の評価型ワークショップBioCreativeの第7回目で設定されたNLM-Chemタスクでの評価結果をまとめた論文になります。各参加組織から共著者に入れる人数が2名に制限されたため教員は入っていませんが当研究室の研究成果になります。

Robert Leaman, Rezarta Islamaj, Virginia Adams, Mohammed A. Alliheedi, João Rafael Almeida, Rui Antunes, Robert Bevan, Yung-Chun Chang, Arslan Erdengasileng, Matthew Hodgskiss, Ryuki Ida, Hyunjae Kim, Keqiao Li, Robert E. Mercer, Lukrécia Mertová, Ghadeer Mobasher, Hoo-Chang Shin, Mujeen Sung, Tomoki Tsujimura, Wen-Chao Yeh, and Zhiyong Lu, Chemical Identification and Indexing in Full-Text Articles: Overview of the NLM-Chem Track at BioCreative VII, DATABASE, Oxford University Press, 2023. (doi:https://doi.org/10.1093/database/baad005) (IF=4.462)

「自然言語処理」論文採録

言語処理学会の論文誌「自然言語処理」に投稿していた下記の論文が採録になりました。丁寧な査読と有用なコメントを頂いた匿名の査読者の皆様に感謝します。

牧野 晃平,三輪 誠,佐々木 裕,文書単位関係抽出における既存手法の出力を辺とした関係グラフの辺編集,自然言語処理,Vol. 30, No. 2, 2023. (accepted)

FM愛知取材

本日(2023/2/9)にFM愛知の「中電シーティーアイ Welcome Generation」という番組の取材を受けました。この番組は、パーソナリティの重田 優平さんが大学の研究室を訪問して、学生の声を聴くという番組。スポンサーの中電CTIの方も来学され、グッズなどもいただきました。ありがとうございました。

放送予定は3月とのこと。

・ FM AICHI / 3月23日(木)20:30 ~ 21:00
・ e-radio・エフエム滋賀 / 3月23日(木)20:00 ~ 20:30
・ HELLO FIVE・エフエム石川 / 3月25日(土)20:00 ~ 20:30

FMラジオはもちろんですが、radiko でも聞けるようです。

メインは学生ですが、教員の佐々木も少し出ています(ラジオ出演は、高校生のときに部活がNHK地方局の取材を受けたとき以来)。

(追記)こちらで公式サイトの録音を聞いていただくことができます.⇒視聴できるのは中部圏内だけかもしれません。

博士修了

2009年に設立された当研究室から博士号取得の第1号が生まれました。要件となっている筆頭ジャーナル論文3件を満たした博士論文をしっかりと纏め上げました。その分、12月修了という中途半端な時期になってしまいました。

2009年の設立以降、博士取得者が出るのが遅かったような気もしますが、学生が産業界指向であることと、博士指向の学生がいたとしても、姉妹校の豊田工大シカゴ校(TTIC)の博士課程に進学することもあり、13年目の博士取得学生誕生となりました。

博士論文
Masaki Asada, Integrating Heterogeneous Domain Information into Relation Extraction: A Case Study on Drug-Drug Interaction Extraction, Toyota Technological Institute Ph.D. Thesis, December 2022. (https://arxiv.org/abs/2212.10714)

Paper accepted for publication in Oxford Bioinformatics

Our paper on extracting drug-drug interaction (DDI) from the literature has been accepted for publication in Bioinformatics. This paper focuses on using heterogeneous drug-related domain information for DDI relation extraction. Especially, we have created a large-scale knowledge graph covering drug-related information and learned embeddings of the nodes and links in order to obtain embedding vectors of various pieces of domain information in a single vector space, which is very important. Then, we use the pretrained embedding representations as external knowledge for neural DDI extraction from the literature.

This is a typical example of symbolic-neural learning (or neuro-symbolic learning), which we have been promoting in a series of International Workshops on Symbolic-Neural Learning since 2017.

Masaki Asada , Makoto Miwa and Yutaka Sasaki, Integrating heterogeneous knowledge graphs into drug-drug interaction extraction from the literature, Bioinformatics, Oxford University Press, November 23, 2022. (https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac754)

Advanced Engineering Informatics

Our paper on superconductivity information extraction has been published online. This one is an open access paper.

Kyosuke Yamaguchi, Ryoji Asahi, Yutaka Sasaki, Superconductivity information extraction from the literature: a new corpus and its evaluations, Advanced Engineering Informatics, Volume 54, ISSN 1474-0346, Elsevier, October 2022. (https://doi.org/10.1016/j.aei.2022.101768)

RAID

研究室のメインの共有ファイルサーバーのRAIDが2週間前ぐらいに壊れました。こまめにgithubにcommitしていた学生は助かりましたが、そうでない学生は自分の作ったプログラムの再現に苦労しているようです。ただ壊れたといっても、HPのRAIDはRAID5のディスクのうち2台がSMARTの警告を出すと、論理ドライブ全体が利用不可になる設計になっていて、RAIDをリビルドするまで停止しています。

今日やっとバックアップ用の60TBの外付けディスクとRAIDの差し替え用HDD 2台が納品されましたので、これから修復に入ります。

みなさんもくれぐれもバックアップをとるように心がけてください。(あとRAIDのディスクが警告を出したら(=HPのサーバーの場合はHDDのオレンジのランプがチカチカしたら)すぐに交換しましょう。少しさぼっていると2台目が警告を出してRAIDが使えなくなりますので注意!←RAID5の場合)

※正確には警告が出ているだけでディスクが壊れているのでなければ、Intelligent ProvisioningからRAIDの論理ドライブを再利用するように設定を変更できます。ただ、もし運悪く2台のHDDが同時に壊れるとRAID全体のファイルが読めなくなるので、RAID全体のバックアップをとるまでは怖くて利用再開というわけにはいきません。過去の卒業生のプログラムやデータもそこに保管されていますので。